Prevalence and Molecular Characterization of ESBL-Producing Escherichia coli Isolated from North of Palestine
Date
2015
Authors
Aws Jaber Abu Jaber
Journal Title
Journal ISSN
Volume Title
Publisher
Abstract
Fifty-Two isolates of E. coli were recovered from different hospitals and private labs in Jennin district-Palestine, during February-April 2015. Results showed that the prevalences of ESβL and AmpC β-lactamase using conventional techniques were 32.7% and 26.9%, respectively. Whereas, the prevalences using PCR technique were 67.3% and 5.8% for ESβL and AmpC β-lactamase, respectively. TEM gene was the dominant (82.9%) among E. coli that carried ESβL genes. Other genes were (0.0%), (2.9%) and (15.4%) for CTX-M, SHV and OXA genes, respectively. Whereas, AmpC β-lactamases only DHA gene was detected and the prevalence was (5.8%). Molecular analysis by construction phylogenetic tree showed that all sequenced TEM, SHV, OXA and DHA genes were belonged to TEM-1, SHV-1, OXA-1 and DHA-1, respectively. ERIC results showed that these strains were diverse and unrelated clones.
Our results underline the need for continuous monitoring and surveillance of the prevalence, proper control and prevention practices and effective antibiotic use will limit the further spread of Amp-C β-lactamases and ESβLs producing isolates within hospitals in Palestine.
تم الحصول على 52 عزلة من بكتيريا الاشيريشيا القولونية من مستشفيات و مختبرات خاصة مختلفة من منطقة جنين/ فلسطين خلال الفترة ما بين شباط الى نيسان من العام 2015. اظهرت النتائج ان انتشار كل من ESβL و AmpC β-lactamase باستخدام طرق الفحص التقليدية كان بنسبة 32.7% و 26.9% على الترتيب. بينما كان انتشارهما باستخدام تقنية PCR بنسبة 67.3% و 5.8 % على الترتيب. كما أظهرت النتائج أن جين TEM كان سائدا بنسبة 82.9% بين البكتيريا القولونية التي تحمل جينات ESβL. اما الجينات الاخرى وهي CTX-M ، SHV و OXA فكانت النسب 0.0%، 2.9% و 15.4% على الترتيب. بينما في AmpC β-lactamases فقد تم تحديد جين DHA فقط, وكانت نسبة انتشاره 5.8%. اظهر التحليل الجزيئي باستخدام طريقة شجرة النشوء والتطور. ان جميع تسلسلات جينات TEM، SHV، OXA، و DHA تعود الى TEM-1، SHV-1، OXA-1 ، و DHA-1 على الترتيب. كما أظهرت نتائج ERIC-PCR أن هذه السلالات متنوعة. نتائجنا تؤكد على الحاجة إلى المراقبة المستمرة ومراقبة الانتشار والرقابة السليمة وممارسات الوقاية واستخدام المضادات الحيوية الفعالة سيحد من انتشار المزيد من السلالات المنتجة ل AmpC β-lactamases و ESβLs داخل المستشفيات في فلسطين.
تم الحصول على 52 عزلة من بكتيريا الاشيريشيا القولونية من مستشفيات و مختبرات خاصة مختلفة من منطقة جنين/ فلسطين خلال الفترة ما بين شباط الى نيسان من العام 2015. اظهرت النتائج ان انتشار كل من ESβL و AmpC β-lactamase باستخدام طرق الفحص التقليدية كان بنسبة 32.7% و 26.9% على الترتيب. بينما كان انتشارهما باستخدام تقنية PCR بنسبة 67.3% و 5.8 % على الترتيب. كما أظهرت النتائج أن جين TEM كان سائدا بنسبة 82.9% بين البكتيريا القولونية التي تحمل جينات ESβL. اما الجينات الاخرى وهي CTX-M ، SHV و OXA فكانت النسب 0.0%، 2.9% و 15.4% على الترتيب. بينما في AmpC β-lactamases فقد تم تحديد جين DHA فقط, وكانت نسبة انتشاره 5.8%. اظهر التحليل الجزيئي باستخدام طريقة شجرة النشوء والتطور. ان جميع تسلسلات جينات TEM، SHV، OXA، و DHA تعود الى TEM-1، SHV-1، OXA-1 ، و DHA-1 على الترتيب. كما أظهرت نتائج ERIC-PCR أن هذه السلالات متنوعة. نتائجنا تؤكد على الحاجة إلى المراقبة المستمرة ومراقبة الانتشار والرقابة السليمة وممارسات الوقاية واستخدام المضادات الحيوية الفعالة سيحد من انتشار المزيد من السلالات المنتجة ل AmpC β-lactamases و ESβLs داخل المستشفيات في فلسطين.